Linux转录组分析环境搭建教程：从基础到深度学习

②转录组上游数据分析——环境搭建及软件安装

转录组分析——软件构建和安装环境 1 、在鉴定的转录组上构建Linux个人环境分析系统，Linux因其稳定性和对生物信息学软件良好的支持而成为首选操作系统。
下面是搭建个人Linux系统环境的主要步骤： 打开Linux系统终端：命令查看当前目录下的文件里面。
shell命令提示符格式通常为：username@hostname:directionis$，其中username是用户名，hostname是主机名，direction是目录名。
创建必要的文件夹：在处理数据之前，建议提前构建所需的文件夹框架。
例如，您可以创建 Software、Projects/rna/biotree 和包等文件夹来存储相关程序、设计和包。
使用mkdir命令创建文件夹，如：mkdirSoftwares、mkdir -pUser/Projects/rna/biotree、mkdir -pUser/Packages。
使用 ls 命令查看创建的新文件夹。
删除文件夹：使用命令 rm <文件夹名称> 删除文件夹，但此操作要小心，删除后无法恢复。
2 . 配置conda conda 是一个开源的包、依赖项和环境管理器，可以轻松安装、运行和升级包及其客户端。
配置conda的步骤如下： 下载并安装conda：使用wget命令下载Miniconda安装包，如：wgethttps://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3 -latest-Linux-x8 6 _6 4 .sh。
使用bash命令跟踪下载的文件并按照提示完成安装，如：bashMiniconda3 -latest-Linux-x8 6 _6 4 .sh。
安装成功后，更新系统环境变量文件，如：source~/.bashrc。
检查conda是否安装成功：命令行中的conda。
如果没有报错则说明缓存安装成功。
设置conda镜像：根据服务器的网络情况，可以设置conda镜像来加速文件的安装。
使用condaconfig命令添加源镜像，如：condaconfig--addchannelshttps://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/等。
安装大致的邮件相关环境：使用conda新建一个环境，如：condacreate-ndownload。
激活环境，如：condaactivatedownload。
安装 aspera-cli 等电子数据工具和 condainstall-y-chccaspera-cli、condainstall-y-cbiocondasra-tools 等环境工具。
检查程序是否安装成功，如：whichascp。
3 .使用Conda安装必要的软件。
在记录数据分析流中，需要安装一些必要的程序，如fastqc、trim_galore、hisat2 、featureCounts等。
以下是使用conda安装这些程序的步骤： 创建并激活新的conda环境： 使用condacreate命令创建一个名为rna的新环境。
使用 condaactivarna 命令打开游戏。
环境安装软件：使用condainstall命令安装fastqc、trim-galore、hisat2 和subread（包括featureCounts）等软件，如：condainstall -y-cbiocondafastqctrim-galorehisat2 subread。
您还可以安装其他有用的程序，例如salmon和sam工具，例如：condainstall-y-cbiocondasalmon、condainstall-y-cbiocondasamomenta。
检查程序是否安装成功：使用--help参数检查各个程序是否安装成功，如：fastqc --help、trim_galore --help、hisat2 --help、featureCounts --help。
通过以上步骤，我们就可以成功搭建个人Linux系统环境，创建conda，并使用conda安装转录本流分析所需的软件。
这些步骤为后续的分析任务奠定了坚实的基础。
（注：图为学习者思维导图，鼓励不断学习进步被指定）。

Linux简介

Linux简介 Linux是一个开源的类Unix操作系统，在计算机技术的发展中占有重要地位，并以其诸多优点而受到广泛赞誉。
下面是对Linux的详细介绍： 一、发展历史 起源：Linux内核项目由芬兰的Linus Torvalds于1 9 9 1 年1 0月创建，并发布了第一个公开版本，版本0.02 吉祥物：在Linux 2 .0版本中，选择企鹅作为Linux的吉祥物。
这个选择背后有一个有趣的故事：据说托瓦斯小时候去动物园时被企鹅咬伤了，所以他永远不会忘记这只动物。
后来，大家决定用这只令人难忘的企鹅作为Linux的吉祥物。
重要里程碑：Linux 1 .0版本于1 9 9 4 年3 月发布。
1 9 9 7 年1 月，第一个“Linux病毒”Bliss被发现，但它并没有威胁系统安全，只是提醒用户注意软件源的安全。
1 9 9 8 年5 月，基于Linux的Google搜索引擎推出。
2 01 1 年5 月，Google I/O大会发布了基于Linux内核的Chrombook云操作系统。
2 、Linux系统的重要性 操作系统的作用：计算机主机是由硬件组成的。
为了有效地控制这个硬件，需要一个“领导者”，即操作系统。
操作系统为程序员开发软件提供了一套完整的系统调用接口。
Linux的起源：早期的Linux是为3 8 6 计算机开发的。
由于Linux只是一个操作系统内核，并不包含其他应用程序，因此下载并安装Linux内核后，工程师必须自行安装必要的软件。
操作系统的核心功能：操作系统主要对硬件进行管理和控制，包括管理内存、设备、任务管理和系统调用等。
只要硬件运行正常，就是一个合格的操作系统。
3 、Linux系统与其他计算机操作系统的比较 安全性： Windows：提供简单的图形界面，支持更多新的硬件和软件，提高系统的可靠性和安全性。
Linux：开源特性使得识别和修复系统漏洞变得更加容易。
Linux安全设置包括取消不必要的服务、限制远程访问、修复安全漏洞、使用安全工具以及定期进行安全扫描。
MacOS：封闭式操作系统，具有完善的权限机制和沙箱机制，可以过滤隐秘软件和强制安装软件。
易用性： Windows：典型的图形界面操作系统，易于使用，被用户广泛使用。
Linux：支持字符界面和图形界面，执行命令。
初次接触，用户可能会遇到诸如：B.由于不熟悉命令行操作，命令难以掌握等问题。
MacOS：优秀的全屏界面，极其易于使用且易于删除的软件。
软硬件环境： Windows：支持广泛的硬件设备类型、型号和数量，以及丰富的软件资源，包括网络管理工具、文件利用程序、办公应用软件等。
Linux：软件资源同样丰富，可以满足用户所需的所有应用，并且大部分应用软件可以从互联网上免费下载。
MacOS：作为硬件配件，提供了优秀的计算机硬件选择，但支持的应用软件相对较少，在很多领域都有自主开发的专业软件。
4 、Linux系统的优点及应用 优点：跨平台硬件支持。
多个用户的多任务处理。
多种软件支持。
极其安全。
系统稳定。
网络功能完善。
应用范围： 企业环境：Linux非常适合网络服务器、关键业务应用（如大型企业网络环境）、高性能计算等。
个人环境：Linux的Windows系统可以运行很多软件，适合桌面计算机。
此外，Linux的一个分支Android是手机市场的主流操作系统，也广泛应用于手持系统和嵌入式系统（如路由器、防火墙、手机、机器人芯片等）。
云应用：Linux在云应用中占有重要地位。
大多数云程序创建的虚拟机都是Linux操作系统。
与此同时，终端设备也变得越来越轻，比如像树莓派这样的小型计算机，只需很少的配置就可以成为学习程序的环境。
综上所述，Linux作为一个开源的类Unix操作系统，在计算机技术的发展中发挥着重要的作用。
其开源特性、安全稳定、用途广泛，使其成为众多电脑爱好者和商业用户的首选。

Linux 深度学习环境搭建教程 ( WSL + miniconda + pytorch + cuda + cudnn + vscode)

引入 WSL：开发人员可以在 Windows 计算机上同时访问 Windows 和 Linux 的强大功能。
借助适用于 Linux 的 Windows 子系统 (WSL)，开发人员可以安装 Linux 发行版（例如 Ubuntu、OpenSUSE、Kali、Debian、ArchLinux 等）并直接在 Windows 上使用 Bash Linux 应用程序、实用程序和命令行工具，而无需对传统虚拟机或双引导设置进行任何修改或花费。
1 .1 安装 WSL：现在可以使用单个命令安装运行 WSL 所需的一切。
右键单击并选择“以管理员身份运行”，以管理员模式打开 PowerShell 或 Windows 命令提示符，输入命令 wsl --install，然后重新启动计算机。
此命令将启用运行 WSL 和安装 Linux 的 Ubuntu 发行版所需的功能。
（可以更改此默认分布）。
当您首次启动新安装的 Linux 发行版时，将打开一个控制台窗口，要求您等待文件解压并存储在计算机上。
未来所有的启动时间都应该少于一秒。
1 .2 安装Ubuntu：打开MicrosoftStore，搜索Ubuntu进行安装。
WSL-Ubuntu 默认安装在 C 盘。
设置好CUDA等环境后，占用空间通常达到3 0GB以上。
如果C盘空间不够，可以在文末附录中查看如何将Ubuntu迁移到其他盘。
如果要迁移，建议在完成Ubuntu安装后先迁移数据，然后再进行后续的环境配置工作。
2 .miniconda：miniconda简介：由于Python不向后兼容（较新的版本可能无法使用旧版本的数据），因此某些算法需要配置特定版本的Python环境。
miniconda 是 Anaconda 的精简版，可以像 Anaconda 一样创建和使用不同的环境。
2 .1 安装miniconda：打开Ubuntu并设置用户名和密码。
直接安装miniconda，按顺序进入wsl终端： 输入以下命令，打开并编辑~/.bashrc文件： 在~/.bashrc文件最下面回车（注意：将路径中的YOUR NAME替换为你刚才在Ubuntu中设置的用户名）： 键入完成后，退出并保存： CTRL+X，单击Y，按回车键保存，然后输入以下命令重新加载文件bashrc： 如果WSL命令提示符前出现（base），则表示配置为成功了。
2 .2 使用miniconda配置环境：env_name是自己命名的系统环境。
当命令行前有括号时，表示您处于虚拟环境中，并且环境名称位于括号中。
此时，使用condadeactivate退出当前虚拟环境。
(base) 是 miniconda 的默认环境。
再次使用condadeactivate返回本地Ubuntu环境。
3 .cuda： 3 .1 安装cuda：建议在Ubuntu本地环境安装cuda（具体参见2 .2 节），因为cuda基本不需要版本控制。
在命令行输入nvidia-smi即可显示系统上可以安装的最新版本的cuda。
您可以安装所有版本的 CUDA，但不能安装更高版本到这个版本。
一般情况下，安装该版本即可。
另一种方法是在官方文档：官方cuda手册中查看与您设备的驱动版本对应的cuda版本。
在官方下载地址搜索对应的cuda版本开始cuda安装：cuda官方下载地址。
选择对应的下载选项，下面会生成对应的下载命令。
在Ubuntu命令行中按顺序输入命令。
cuda版本1 2 .3 对应的下载命令输入以下命令。
打开并编辑~/.bashrc文件：在~/.bashrc文件底部输入以下命令：在两个命令中输入cuda-1 2 3 、替换刚刚下载的版本号后，退出并保存：CTRL+X，按Y，回车保存，输入以下命令重新加载bashrc文件： 4 .2 检查CUDA是否安装成功：在Ubuntu命令行输入NVCC-V。
如果出现版本号，则说明CUDA安装配置成功。
4 .pytorch： 4 .1 安装pytorch：建议在miniconda虚拟环境中安装pytorch，即先激活对应的虚拟环境，然后进行以下安装操作。
点击链接进入下载界面：pytorch下载地址，点击对应选项，下方会生成对应的下载命令指令。
只需在命令行界面中输入命令语句即可。
ComputePlatform根据CUDA安装版本进行选择。
如果CUDA版本大于1 1 .8 ，则选择CUDA1 2 .1 ，否则选择CUDA1 1 .8 4 .2 检查pytorch是否安装成功：在命令行界面输入python，输入python编辑器，输入importtorch，检查pytorch是否安装成功。
如果没有报错，则说明安装成功。
5 .cuDNN（CUDIACUDA深度神经网络库）：NVIDIACUDA深度神经网络库（cuDNN）是一个用于深度神经网络的GPU加速基元库。
地址，选择对应的下载选项，在命令行输入对应的命令 WSL：cuDNN 官方下载地址。
5 .2 检查Linux 上的官方安装文档：为了验证cuDNN 是否已安装并正常工作，请编译位于/usr/src/cudnn_samples_v9 中的mnistCUDNN 示例文件。
如果 cuDNN 在您的 Linux 系统上成功安装并运行后，您将看到以下消息：Testpassed！ 6 .VSCode： 6 .1 安装VSCode：输入代码。
在 WSL 命令行上安装 VSCode。
安装完成后，输入代码。
打开 VSCode。
6 .2 使用方法：在我的电脑侧边栏可以找到Ubuntu文件位置，直接将要运行的项目文件拖拽到该文件目录即可。
文件路径是Ubuntu->home->your_username。
另外：在VSCode中安装相应的语言插件可以更方便地查看和使用代码。
例如，建议python安装以下插件： WSL数据迁移：WSL迁移到D盘总共需要六个步骤：