mysql-connector-java不同版本有区别吗？比如5.0.6和5.0.8什么区别？是越高级的版本兼容性越好？

升级驱动jar包的原因很简单，就是因为远处的jar有一些缺陷需要修改或者需要做一些优化。
另外，由于数据库不断升级，驱动包当然也要升级，否则可能会出现错误。
理论上，越高级越好，但根据您的数据库版本，使用最新的jar可能不是最佳选择，因为版​​本太低。

mysql5.5.31匹配的驱动包有哪些

只需下载相应的驱动即可（对于odbc，下载odbc驱动进行安装，对于jdbc，下载相应的mysql-jdbc.jar）。
mysql-5.5.10、mysql-connector-java-5.1.10.zip，用的就是这个。
您可以参考连接器发行说明来查看主要更新。